Сюжет фильма продолжает «Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone». Во втором фильме добавляются два новых персонажа — Сикинами Аска Лэнгли, созданная на основе Аски Лэнгли Сорью из оригинального сериала, и новая героиня, Мари Илластриэс Макинами, отсутствовавшая в оригинальном произведении и ставшая пилотом Евы-05, которую она и уничтожила, уничтожив и ангела. Также, значительно большее чем в сериале время отводится развитию отношений между Рей и Синдзи. При этом сюжет сильно отклоняется от оригинального произведения.

Когда-то, у этих девочек было счастливое детство, любящие родители и радужное будущее... Но, все это исчезло в один миг. Жестокий мир лишил их не только семьи, но даже и собственных тел. Теперь, они - секретное оружие на службе у правительства, полулюди, запрограммированные на уничтожение особо опасных преступников и террористов. Модифицированные искусственные тела, специальные навыки по владению боевыми искусствами

OAV, выпущенный в виде четырех эпизодов, не изменил названия, однако он не стал сиквелом. На этот раз режиссер Фурухаси поступил довольно оригинально, прервав на время последовательную цепочку и выпустив приквел. Само по себе понятие приквел антонимично сиквелу, и если сиквел — это прямое продолжение, то приквел — своеобразная предыстория, рассказ о том, что уже известно, но под другим углом. В результате чего новый Кеншин, точнее старый, но выглядящий по-новому, получился броским и отличим от той истории, к которой зритель привыкал на протяжении десятков часов. Если подумать, то этот приквел можно назвать вторжением реализма. В нем нет комедийных элементов, в нем очень строгий дизайн.

В Японии, захваченной и переименованной в «Зону 11», вместе с младшей сестрой живёт старшеклассник Лелуш – изгнанный сын Императора, потерявший мать и право на престол. Юноша отличается от сверстников не только происхождением – он весьма одарённая личность, только где применить эти способности? Неожиданно Лелуш оказывается вовлечён в столкновение между японскими террористами и британскими солдатами. Так он знакомится с загадочной девушкой «C.C.» Она дарует ему сверхъестественную способность «Гиасс», позволяющую подчинять себе волю других людей.